识别人类肺癌抗原
我的闺蜜老红帽#肿瘤#在过去的三十多年间，一系列可以被T细胞所识别的肿瘤抗原被发现，并且肿瘤特异性体细胞突变所编码的肿瘤抗原与免疫疗法的疗效密切相关，更有甚者，有研究给出了免疫疗法疗效与肿瘤病灶处体细胞突变之间直接相关性的证据，比如说，免疫疗法更易于对DNA损伤修复发生异常的癌症患者起作用，而一项关于黑色素瘤浸润淋巴细胞的研究发现，在半数患者体内均找到体细胞突变所编码的T细胞特异性抗原。肿瘤抗原以其并不在正常组织中表达的特性，而作为最为安全的免疫靶标之一，但是，T细胞如何发现和识别这些肿瘤抗原仍旧是个大问题。肿瘤抗原的发现通常是基于主要组织相容性复合物的算法来实现的，但这一方法并没有考虑到T细胞是否可以特异识别抗原这一问题。事实上，年一项大规模研究发现，仅仅只有1.6%的抗原可以被T细胞所识别。因此，学界亟需建立可以快速发现T细胞可识别的抗原的方法。年4月21日，来自美国国立卫生研究院的JamesC.Yang研究组在CancerCell上发表题为Aphenotypicsignaturethatidentifiesneoantigen-reactiveTcellsinfreshhumanlungcancers的文章，定义了可以识别肿瘤抗原的T细胞的分子特征标签。TCR-CITE测序可以在单细胞水平快速分析和整合细胞表面分子，细胞转录组以及T细胞受体（TCR）信息。因此，如果已知一个细胞的TCR序列，那么其转录组以及细胞表面分子表达情况也是可以预知的。作者首先招募4位非小细胞肺癌患者，并对其肿瘤病灶处的淋巴浸润细胞进行扩增和全外显子组测序，并与外周血全外显子组测序结果相比较，找到11组可以识别肿瘤突变的TCR。其中，7组来自于CD8+T细胞，4组来自于CD4+T细胞。接下来，作者比较每位病人肿瘤特异性CD8+T细胞与其他CD8+T细胞在蛋白质和基因水平的异同，确定了24组在几位病人中均发生明显变化的分子，包括22组上调和2组下调。其中，CD39和CD在肿瘤抗原特异性T细胞中高表达。另外，上调分子还包括CXCL13，PDCD1，LAYN，CD27，BATF，TIGIT和MIR55HG，下调分子包括IL7R。在四位病人中，三位CD8+T细胞表达有CD39的占到23%～34%，而第四位病人，也就是唯一一位接受抗PD-1抗体治疗的病人，表达仅有5.7%的CD8+T细胞表达CD39。表达CXCL13的CD8+T细胞比例在2.5%到11.1%之间浮动。抗原特异性CD4+T细胞含量相对较少，作者整合多种来源数据，确定识别肿瘤抗原的CD4+T细胞同样高表达CD39，TIGIT和CXCL13等。其中CD39+T细胞基本上也高表达TIGIT，而这类CD39+TIGIT+细胞可以分为两个亚类，一类是FoxP3+Treg，一类是CXCL13+且含有基本上所有的可特异性识别肿瘤抗原克隆。最后，作者综合所分析的可以识别肿瘤抗原的枚CD8+T细胞和枚CD4+T细胞，发现这些CD8+T细胞中，CD39,CD和PD-1高表达，CD4,CD8A,CD45RA,CD62L和CD低表达。识别肿瘤抗原的CD8+T细胞转录组分析确定CXCL13,ENTPD1，LAYN，TIGIT,BATF,GZMB,CD27和PHLDA1上调，而CD下调。CD4+T细胞中CXCL13,ENTPD1,ADGRG1,NMB,ITM2A,NR3C1和ETV7高表达。综上所述，作者通过对4位非小细胞肺癌病人的肿瘤浸润淋巴细胞进行转录组和TCR测序分析，确定了一组基于CD39和CXCL13，可以快速识别肿瘤抗原的T细胞的分子标签。当然4位病人这一样本量相对较少，上述结果是否具有普适性仍有待商榷。原文链接：
